Man startede på byggeriget af kirken i 1637 og det stod færdigt i 1657. Meningen med den var at den skulle være en studenter kirke så de studerende kunne have en kirke at komme i. Men Christian.4 ville have at det skulle være: en kirke, et bibliotek og et Astronomisk observatorium Rundetårn hænger sammen med Trinitatis kirken og blev brugt som observatorium. Den store brand i 1728 brændte kirken men var ikke så ødelagt som andre kirker.  Kirken fik lavet taget om men inden i ser den stadig ud som den altid har gjort. Trinitatis betyder treenighed og er hovedpunktet i mange danske kirker.